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TokuDB企业版提供热备功能(与社区版唯一的区别)。
该功能以plugin方式提供，当backup plugin加载后，它会拦截所有的文件操作(比如文件读写／目录操作等)，从而实现在备份的过程中增量同步，具体原理请看:
http://www.tokutek.com/2013/09/tokudb-hot-backup-part-1/
http://www.tokutek.com/2013/09/tokudb-hot-backup-part-2/
社区版如何实现热备呢？
官方推荐的方式是mylvmbackup，不过可能会有一些＂坑＂。
Percona的Vadim同学写过一篇TokuDB tips，介绍了Percona在使用mylvmbackup热备TokuDB中遇到的＂坑＂及解决方法：
不能只备份TokuDB自身的数据以及日志文件，还要备份最新的binlog，否则启动的时候可能就＂跪＂了！
还有一个比较geek的方式，直接基于TokuDB自身的机制，轻松的热备出一个备库。
上攻略：
1) SET TOKUDB_CHECKPOINT_LOCK=ON;
2) 开始拷贝TokuDB的数据文件(不包含日志文件)
3) FLUSH TABLES WITH READ LOCK;
4) 记录binlog位置，拷贝最新的binlog和TokuDB的日志文件(*.tokulog)
5) UNLOCK TABLES;
6) SET TOKUDB_CHECKPOINT_LOCK=OFF;
＂大杀器＂就是TOKUDB_CHECKPOINT_LOCK，它的作用是允许拿到checkpoint锁，此时TokuDB的checkpoint会一直block到该锁释放(执行前要把tokudb_checkpoint_on_flush_logs关掉)，目的是防止拷贝TokuDB数据文件的过程中做sharp checkpoint(注意：由于不做checkpoint，TokuDB的日志文件会逐渐增多)，从而导致数据文件内部不一致(已拷贝的文件被修改)。
整个热备过程中，只有步骤4是阻塞写的，但耗时较短。